Ciao, bisogna sistemare un po' di cose. La prima è pubblicare la richiesta nella sezione giusta. Per ora ci ho pensato io a spostarla in questa.

Poi per quanto riguarda il codice:

fai attenzione a come dichiari le variabili:

Dim c, avviso As String

qui solo la variabile "avviso" è di tipo string invece "c" è di tipo variant

Sempre per quanto riguarda la variabile "c", nel tuo codice prima gli assegni il valore contenuto un "A1" poi gli dici di essere uguale a quel valore prelevato e poi gli aggiungi il simbolo "*" che la rende "tutto ciò che viene anche dopo quel valore", quindi se scrivi A1 poi diventa A1, A11, A12, A13, A14, ecc...quindi non va bene, ecco perché ti filtra non solo "A1"

Il filtro poi lo devi applicare partendo dalla riga 2 e non dalla riga 3:

ActiveSheet.Range("$A$3:$A$4000").AutoFilter Field:=1, Criteria1:=c

quindi sarebbe:

ActiveSheet.Range("$A$2:$A$4000").AutoFilter Field:=1, Criteria1:=c

Il messaggio che mostri come "avviso" non ha bisogno di essere immagazzinato in un variabile, dato che poi non la utilizzi più:

avviso = MsgBox("devi inserire una posizione in A1!", vbInformation + vbOKOnly, "AVVISO")

diventa solo:

MsgBox "devi inserire una posizione in A1!", vbInformation + vbOKOnly, "AVVISO"

A questo punto prova queste modifiche:

Sub ApplicaFiltro3() 'filtro posizioni
    Dim c As String
    Dim visibili As Boolean
    
    c = Range("A1").Value
    If LCase(c) <> LCase("inserisci qui posizione da ricercare") Then
        ActiveSheet.Unprotect "123456"
        Application.ScreenUpdating = False
        Application.Calculation = xlCalculationManual

        If ActiveSheet.AutoFilterMode Then ActiveSheet.AutoFilterMode = False
        ActiveSheet.Range("$A$2:$A$4000").AutoFilter Field:=1, Criteria1:=c '<<< filtro
    
        On Error Resume Next
        visibili = ActiveSheet.AutoFilter.Range.Columns(1).SpecialCells(xlCellTypeVisible).Count - 1
        On Error GoTo 0
        
        If visibili = 0 Then
            MsgBox "Nessuna corrispondenza trovata per '" & c & "'.", vbExclamation, "Filtro vuoto"
            Range("A1").ClearContents
            ActiveSheet.AutoFilterMode = False
        End If
        
        Application.Calculation = xlAutomatic
        Application.ScreenUpdating = True
        ActiveSheet.Protect "123456"
    Else
        MsgBox "devi inserire una posizione in A1!", vbInformation + vbOKOnly, "AVVISO"
    End If
End Sub

Inoltre nel Modulo di classe del Foglio4 (articoli) stavi anche scrivendo bene, aggiungendo la disabilitazione degli eventi quando modifichi qualcosa in A1. Dovevi solo sistemare meglio la sequenza delle azioni, così da evitare Loop continui e magari aggiungerci un controllo sulla cella che hai manipolato per evitare interventi inutili:

Option Explicit

Private Sub Worksheet_Change(ByVal Target As Range)
    If Target.Address <> "$A$1" Then Exit Sub
    
    If Range("A1") = "" Then
        Application.EnableEvents = False
        Range("A1") = "inserisci qui posizione da ricercare"
        Application.EnableEvents = True
   End If
End Sub

Di tutto quello che hai scritto in quella macro ti serve solo questo:

Sub TogliFiltro3()
    ActiveSheet.Unprotect "123456"
    
    If ActiveSheet.AutoFilterMode Then ActiveSheet.AutoFilterMode = False
    With Range("A1")
        .ClearContents
        .Select
    End With
    ActiveSheet.Protect "123456"
End Sub

Ricorda però che il file che alleghi deve rispettare la stessa struttura di quello originale altrimenti non si finisce mai.

Hao provato a scrivere:

If visibili = 0 Then
MsgBox "Nessuna corrispondenza trovata per '" & c & "'.", vbExclamation, "AVVISO"
Range("A1:B1").ClearContents '<<<<<<<<<<<<<<<<
ActiveSheet.AutoFilterMode = False
End If

e qui:

With Range("A1:B1")
    .ClearContents '<<<<<<<<<<<<<<<
    .Select
End With

Ora scrivo da smartphone e non ho modo di verificare 

bene, allora inserisco anche quella per togliere il filtro

Sub TogliFiltro()
With Sheets("Articoli")
    .Unprotect Password:="123456"
    .Range("A2:A3000").AutoFilter Field:=1
    .Protect Password:="123456"
End With
End Sub

non avevo fatto caso, allo a la riga

 .Range("A2:A3000").AutoFilter Field:=1

va sostituita con 

.Range("A2:D3000").AutoFilter Field:=1

E' possibile anche che il filtro parta in automatico appena cambi codice in A1

Ciao Alex grazie, ho corretto